La biblioteca, nella sua storia, ha seguito le complesse vicende dell’istituzione universitaria cui fa capo: sul piano formale, assumendone la denominazione e l’assetto giuridico,  sul piano biblioteconomico, costituendo e sviluppando le proprie raccolte in base alle diverse e crescenti necessità didattiche e di ricerca che nel tempo si sono prodotte. Le sorti della biblioteca inoltre si sono saldamente intrecciate a quelle di altre prestigiose istituzioni culturali e musicali cremonesi, in particolare la Biblioteca Statale e il Centro di musicologia Walter Stauffer.
La Scuola di Paleografia musicale dell’Università di Parma viene istituita a Cremona nel 1952 e per una ventina d’anni i corsi si svolgono proprio nei locali della Biblioteca Statale all’interno di Palazzo Affaitati. Nei suoi primi anni di vita la Scuola utilizza per la propria attività didattica e scientifica gli strumenti bibliografici già presenti in Biblioteca Statale, in particolar modo nella sezione musicologica intitolata a Gaetano Cesari,  sezione costituita grazie alla donazione della biblioteca dello studioso cremonese da parte della vedova. Solo nel 1955 comincia a costituirsi il nucleo originario dell’attuale biblioteca.
Nel corso dell’anno accademico 1971/72 la scuola, divenuta nel frattempo Scuola di Paleografia e Filologia musicale e passata sotto la giurisdizione dell’Università di Pavia, si trasferisce nell’odierna sede di Palazzo Raimondi. Insieme alla Scuola, in base ad una convenzione stipulata tra l’Università di Pavia e la Biblioteca Statale di Cremona, viene trasferito anche il fondo librario Gaetano Cesari, collocato in quella che sarà la prima e per molti anni unica sala di consultazione a disposizione degli utenti della scuola, oltreché della cittadinanza intera.
La biblioteca della scuola infatti non solo rimarrà per molti anni giuridicamente confinata nello status di biblioteca d’istituto, ma anche dal punto di vista della collocazione fisica dei materiali, resterà a lungo “relegata” in spazi non direttamente accessibili all’utenza.
Solo nel 1990, nell’ambito di un più ampio progetto di ristrutturazione dei servizi bibliotecari, anche la  biblioteca viene trasferita in alcune sale poste al piano terra di Palazzo Raimondi, in contiguità con la Sala Cesari, diventando in larga parte a scaffale aperto. Nel 1991 poi, con la l’acquisizione in regime di comodato del fondo librario istituito dal Centro di musicologia Walter Stauffer, che ha sede nello stesso Palazzo Raimondi, la biblioteca acquista l’attuale articolata fisionomia.
Nel 1998, con l’istituzione del Dipartimento di Scienze musicologiche e paleografico-filologiche, che sostituisce l’Istituto di Paleografia musicale quale struttura deputata alla ricerca, la biblioteca diventa formalmente biblioteca di dipartimento.
Nel corso degli anni poi il progressivo ampliamento dell’offerta formativa da parte della Scuola andrà ad incidere significativamente sulla consistenza e tipologia delle risorse documentarie.
Dall’anno accademico 1979/80 infatti, con l’istituzione del corso di laurea in Musicologia accanto al tradizionale corso di diploma di Paleografia e Filologia musicale e a quello di Didattica e Storia della musica, la biblioteca comincerà a svilupparsi anche nei settori moderno e contemporaneo della storia della musica e negli ambiti disciplinari complementari alla musicologia.
Nel 2001 poi, in concomitanza con la trasformazione della Scuola di Paleografia e Filologia musicale in Facoltà di Musicologia,  al corso di laurea in Musicologia viene affiancato il corso di laurea triennale in Scienze letterarie (oggi “Lettere e beni culturali”). La biblioteca, sul piano formale ed amministrativo, continuerà a fare capo al dipartimento; tuttavia, dovendo soddisfare anche le esigenze didattiche e scientifiche del nuovo corso di laurea, si  potenzieranno ulteriormente i settori più strettamente letterari, storici e storico-artistici, pur senza perdere di vista l’originario impianto disciplinare che ha fatto della biblioteca un punto di riferimento importante a livello nazionale per gli studi musicologici.
Infine la recente trasformazione, a seguito della riforma Gelmini, della Facoltà di Musicologia in Dipartimento di Musicologia e Beni culturali, ha prodotto solo una nuova modifica nella denominazione della struttura; per il resto la biblioteca ha mantenuto, a causa della particolare situazione logistica, unica nel panorama delle biblioteche dell’Ateneo, lo status di biblioteca di dipartimento.